天气等无法抗拒的自然因素也是列车晚点的原因，如暴雨，山洪，泥石流等。

列车晚点也有可能是车站到发线满线停车，本车没有站台可以停车，所以导致晚点。

列车晚点还有可能是是特殊调度规避，比如军列出行和救灾物资运输专列，因为这些车属于优先放行的车。