明珠站途径线路主要为广珠城际铁路，而珠海站相对会多一条线路，主要为广珠城际铁路和珠机城际铁路。

在站台规模上，珠海站目前为5台8线，而明珠站目前为2台2线。

目前珠海站主体建筑共有四层，而明珠站分为3层。