1、车站地址不同：商丘站是陇海线上的车停靠地点。商丘东站是京九线上的车停靠地点。

2、车站规模不同：商丘东站站房主体两层，建筑设地下通道和地上二层，站房上进下出。商丘站站房地上一层，地下二层。

商丘东站：

商丘东站站房采用“玄鸟生商”造型，以“现代商丘”为创作出发点。利用现代手法，结合商字的变形进行设计，力求用现代的形态给历史古城注入新的活力，弧形的建筑体显示的是一种张力，两大柱体与双弧设计展示的是大鹏振翅的形态，整体以玄鸟展翅为造型设计外观，“天命玄鸟，降而生商”的典故，代表着商丘在国家大力发展铁路建设的契机下势必如大鹏振翅直飞苍穹，迎来一个新的辉煌。商丘东站总建筑面积8000平方米，站房建筑面积7979平方米，候车室面积3567平方米，座椅900个，可同时容纳1500人候车。