阿尔金山脉山峰高度在5200-5828米之间，最高峰为苏拉木塔格峰(海拔6295米)。阿尔金山脉东段北坡位于疏勒河下游，南坡在苏干湖附近，南北相对高差分别为3000米和4800米左右。

阿尔金山脉的气候十分干燥，3000米中山带年降水量在100毫米以下，4000米的高山带干旱寒冷，5500米以上的山峰终年积雪，且有现代冰川发育。