黑蒜实际上是由新鲜的大蒜经过长时间的自然发酵而形成的，在经过时间的发酵后，挥发性硫化物的减少，讨厌的蒜臭味已经完全去除，因此吃起来不会有新鲜大蒜的辛辣味。

黑蒜的颜色来自高温下糖分和氨基酸发生的“美拉德反应”，产生了蛋白黑素等颜色成分，温度越高颜色转化越快、越深。

黑蒜相对于新鲜白色大蒜来说，由于挥发性有机硫化物总量减少，因此大蒜刺激肠道产气的反应被消除了，所以对肠道的刺激也小了。