油性马克笔油具有快干、耐水、耐光性好等特点，但味道相对会比较刺激。

酒精性马克笔具有速干、防水、环保等特点，可在任何光滑表面上进行书写常用在绘图、书写、记号等等。

水性马克笔的墨水类似于彩色笔，颜色亮丽且有透明感，但多次叠加颜色后会变灰，且容易损伤纸面。