喀纳斯湖、阿克库勒湖、乌伦古湖、吉力湖、艾比湖、赛里木湖、巴里坤湖、柴窝堡湖、天山天池、玛纳斯湖、博斯腾湖、艾丁湖、阿牙库克木湖、阿其克库勒湖、鲸鱼湖、依协克帕提湖、卡拉库里湖、阿克赛钦湖。

1、喀纳斯湖,位于阿尔泰山内部的布尔津县境内,面积44.87平方公里。最大湖深188米,是我国内陆最深的湖泊。海拔1370米。为淡水湖。

2、阿克库勒湖,又称白湖,位于喀纳斯湖上游,面积8.5平方公里。海拔1954米。湖水呈乳白半透明状,为淡水湖。

3、乌伦古湖,又名布伦托海、大海子(相邻的吉力湖则称小海子)、福海,位于中国新疆阿勒泰地区福海县境内,海拔468米。面积751平方千米,为咸水湖。

4、吉力湖,位于福海县境内,乌伦古湖上游,海拔500米左右。面积165平方千米,为淡水湖。

5、艾比湖,位于精河县城以北35公里处,为咸水湖,海拔189米。面积500平方千米。