1、生物类型不同:细菌没有核膜包围形成的细胞核,属于原核生物;真菌有核膜包围形成的细胞核,属于真核生物。细菌全部是由单个细胞构成,为单细胞型生物;真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物(如酵母菌),也有由多个细胞构成的多细胞型生物(如食用菌、霉菌等)。

2、细胞结构不同:一是细胞壁的成分不同:细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖,而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。二是细胞质中的细胞器组成不同:细菌只有核糖体一种细胞器;而真菌除具有核糖体外,还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。三是细菌没有成形的细胞核,只有拟核;真菌具有。四是细菌没有染色体,其DNA分子单独存在;真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体(染色质)。

3、细胞大小不同:原核细胞一般较小,直径一般为1μm~10μm;真核细胞较大,直径一般为10μm~100μm。

4、增殖方式不同:细菌是原核生物,为单细胞型生物,通过细胞分裂而增殖,具有原核生物增殖的特有方式——二分裂;真菌为真核生物,细胞的增殖主要通过有丝分裂进行,因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖(如酵母菌)和孢子生殖(食用菌)等方式。

5、名称组成不同:尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字,但细菌的名称中一般含有:球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼,只有乳酸菌例外(实为乳酸杆菌);而真菌名称中则不含有。